Các mối nguy hiểm tự nhiên ở Mali bao gồm:

• Bão cát sa mạc ở phía bắc
• Gió có nhiều bụi thường gặp trong mùa khô, mang đến một đám mây bụi có thể làm hỏng máy bay, làm hỏng máy tính và các thiết bị điện tử nhạy cảm, cũng như gây các bệnh về đường hô hấp.
• Hạn hán định kỳ
• Cháy rừng ở phía nam
• Lũ lụt không thường xuyên, ví dụ như trong tháng 7 năm 2007.[8]
• Giông nhiệt đới ở phía nam, có thể gây ra gió và sét cũng như lũ quét.
• Lũ không thường xuyên ở sông Niger
• Rừng ở Mali không gây hại cho động vật hoang dã nhưng gây hại đối với con người.